标题：
基于ISC-SVR方法预测Th细胞表位
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论文类型：
期刊论文
发表刊物：
化学学报
收录刊物：
PKU、ISTIC、CSCD、SCIE、Scopus
卷号：
71
期号：
4
页面范围：
670-678
ISSN号：
0567-7351
关键字：
T细胞;表位;外源性抗原;MHC Ⅱ类分子;支持向量回归机
摘要：
外源性抗原蛋白被抗原提呈细胞(APC)摄取送入溶酶体中被降解为长度不一的肽段.在HLA-DM分子辅助下,MHC Ⅱ类分子相关恒定链多肽(class Ⅱ-associated invariant chain peptide,CLIP)从MHC Ⅱ类分子的肽结合槽解离,使得外源性抗原降解的肽段进入MHC Ⅱ类分子空的肽结合槽中,形成稳定的抗原肽-MHC Ⅱ类分子复合物.之后再被提呈到APC细胞表面供CD4+Th细胞的TCR识别,激活Th细胞分泌细胞因子,促进CTL细胞特异性杀伤靶细胞或辅助B细胞产生抗体.Th细胞的活化对机体的细胞免疫和体液免疫功能都有重要的辅助作用.本工作基于迭代自洽策略与支持向量回归机(ISC-SVR)方法建立了MHC Ⅱ类分子与外源性抗原肽结合亲合力预测模型,采用13mer扩展核心结合序列可以提高预测模型的性能,分别按照均值法、最大值法、结合法、加权平均值法4种方法计算MHC Ⅱ类分子与抗原肽的结合亲合力值.对17种MHC Ⅱ类分子配型进行了回归分析,与其他预测模型相比较,本工作模型都得到了最佳AUC值.最后,以HLA DRB1*0101分子为例,分析讨论了MHC Ⅱ类分子与抗原肽的结合特异性.
发表时间：
2013-04-15
学位：学士
职称：教授
所在单位：计算机基础教学实验中心