论文名称：基于深腾1800机群系统的分子动力学并行仿真研究
论文类型：期刊论文
发表刊物：大连理工大学学报
收录刊物：Scopus、EI、PKU、ISTIC、CSCD
卷号：47
期号：6
页面范围：818-822
ISSN号：1000-8608
关键字：分子动力学仿真;并行算法;区域分解法
摘要：介绍了分子动力学并行仿真计算的软硬件环境,分析了现有的几种并行算法,确定采用区域分解法作为并行算法,并在此基础上提出了基于区域二次划分的分子动力学并行仿真算法.另外,阐述了原子链、原子近邻表和原子亲属表的概念,提出了基于永久序号的消息传递策略.最后,设计了分子动力学并行仿真程序,并分别在1、2、3、4台结点机上进行了实验,运行结果表明:加速比随着结点数的增加而增加,并行效率虽略有下降但都在87.5%以上,并行效率并没有随着结点数的增加有明显的降低,说明并行程序具有很好的扩展性.
发表时间：2007-11-15