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论文类型：会议论文

发表时间：2011-11-25

页面范围：29-30

关键字：联苯双加氧酶;α亚基;氨基酸;序列分析

摘要：　　联苯在常温下为白色或略带黄色鳞片状的结晶，具有独特的香味。目前环境中的联苯/多氯联苯主要依靠生物降解，其中好氧生物降解为主要方式。目前研究主要是集中在PcBs降解菌株的筛选、降解机理及降解相关的酶和基因方面的研究。研究表明，细菌对联苯/多氯联苯的好氧降解途径相似。联苯/多氯联苯的好氧微生物降解第一步是在联苯2,3一双加氧酶(BphA)的作用。本研究通过考察菌株Dyella ginsersgisoli LA-4的联苯双加氧酶a亚基(BphA-LA-4)护的结构，并与广泛研究的同源亚基进行了氨基酸的序列比对。Blast结果表明已知序列中与BphA-LA-4序列相似程度最高的为Polaromonas naphthalenivorans CJ2，相似程度为78%。通过SWISS-MODEL构建了BphAl的三级结构模型，采用的模板是Comamonas testosterone B-356，序列的一致性达到75.9%，可以用于同源建模。采用UCLA-DOE的Procheck,ERRAT，Verify_3D，及PmSA-web对模型进行质量检测。通过AutoDock4.2进行底物与酶的分子对接。根据文献报道并结合BphA-LA-4的实际情况，确定了与Fe共同构成活性位点的的氨基酸His238，His244，Asp393等，并预测了对底物选择性具有重要影响的氨基酸残基Met263，A1a273，Ile341，Thr382等，从而为将其突变为底物广泛的进化酶提供一定的理论基础。