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Indexed by:期刊论文

Date of Publication:2007-11-15

Journal:大连理工大学学报

Included Journals:Scopus、EI、PKU、ISTIC、CSCD

Volume:47

Issue:6

Page Number:818-822

ISSN No.:1000-8608

Key Words:分子动力学仿真;并行算法;区域分解法

Abstract:介绍了分子动力学并行仿真计算的软硬件环境,分析了现有的几种并行算法,确定采用区域分解法作为并行算法,并在此基础上提出了基于区域二次划分的分子动力学并行仿真算法.另外,阐述了原子链、原子近邻表和原子亲属表的概念,提出了基于永久序号的消息传递策略.最后,设计了分子动力学并行仿真程序,并分别在1、2、3、4台结点机上进行了实验,运行结果表明:加速比随着结点数的增加而增加,并行效率虽略有下降但都在87.5%以上,并行效率并没有随着结点数的增加有明显的降低,说明并行程序具有很好的扩展性.