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Indexed by:期刊论文

Date of Publication:2014-01-15

Journal:大连理工大学学报

Included Journals:PKU、ISTIC、CSCD

Volume:54

Issue:1

Page Number:28-36

ISSN No.:1000-8608

Key Words:Gibbs采样方法;表位;MHC Ⅱ分子;约化同源性

Abstract:在以短肽定义的或以抗原定义的疫苗设计中，识别哪个来自病原体的蛋白质片段会结合M HC Ⅱ分子是个重要问题．多数M HC Ⅱ表位预测的研究很少给出结合特异性的定量分析，所以这些模型的精确度仍然需要进一步提高．AUC Optimized Gibbs （AOG ）使用约化同源性的AUC值而不是相对熵来引导采样，使得正样本和负样本的信息都被用于模型的训练．在10个 HLA-DR4（B1*0401）原测试集和约化同源性测试集的测试中，AOG得到的平均AUC值分别是0．771和0．713，优于Gibbs的0．744和0．673．在定量IEDB的M HC Ⅱ测试集中，AOG得到的平均AUC值是0．766，而TEPITOPE得到的平均AUC值是0．718．从HLA-DR4（B1*0401）数据提取的信息可以识别某些有明显特异性的位置，即P1、P4、P6和P9位置，其对M H C-短肽结合有明显的影响．