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Indexed by:期刊论文

Date of Publication:2005-12-28

Journal:计算机与应用化学

Included Journals:PKU、ISTIC、CSCD

Volume:22

Issue:12

Page Number:1101-1105

ISSN No.:1001-4160

Key Words:蛋白质结构预测;二维HP非格模型;禁忌搜索算法

Abstract:禁忌搜索算法是一种启发式的全局优化算法,是局部搜索算法的一种推广,已被成功地应用于许多组合优化问题,本文探讨将一种记忆的禁忌搜索算法应用于求解蛋白质结构预测问题.文中首先介绍了一种二维HP非格模型,此模型最后可以归结为一个全局优化问题,然后介绍了记忆的禁忌搜索算法在其中的应用,通过与PERM(Pruned-Enriched-Rosenbluth Method)比较,发现禁忌算法能得到较好的实验结果,经分析发现虽然二维HP非格模型很简单,但却能反映蛋白质结构的一些简单的性质,即在蛋白质结构中,疏水性氨基酸形成束,总是被极性氨基酸包围.数值实验表明该算法对于蛋白质结构预测是可行有效的.