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论文类型：期刊论文

发表时间：2016-06-17

发表刊物：计算机工程与应用

收录刊物：CSCD

卷号：53

期号：14

页面范围：111-116,154

ISSN号：1002-8331

关键字：多肽对接;蛋白质-多肽间相互作用;结合位点预测;对接优化

摘要：蛋白质-多肽间相互作用是计算生物学中的热门方向,对其结合的精确预测对于了解体内复杂的信号通路以及蛋白质功能,及进一步进行药物设计有着至关重要的作用.蛋白质-多肽对接方法能够有效地模拟蛋白质-多肽间相互作用,其对接性能直接决定模拟实验的准确性和成功与否.针对当前主要的蛋白质-多肽对接方法,综合测试了其算法性能;同时将本实验室开发的基于全信息粒子群算法的分子对接工具FIPSDock(Fully-Informed-Particle-Swarm-Dock)延伸到蛋白质-多肽对接领域,并评估其性能.利用标准蛋白质-多肽对接数据集(peptiDB)的21个测试例及13个定制测试例进行性能测试,主要对比分析了各算法的成功率和对接精度.结果表明FIPSDock可用于蛋白质-多肽对接,并相对于其他对接算法展示出优异的性能.