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Indexed by:期刊论文

Date of Publication:2015-01-01

Journal:蚕业科学

Included Journals:PKU、ISTIC、CSCD

Volume:41

Issue:1

Page Number:72-79

ISSN No.:0257-4799

Key Words:柞蚕核型多角体病毒; 内源性非编码小RNA; 生物信息学; 靶基因; 启动子

Abstract:研究病毒内源性非编码小RNA(VmiRNA)的靶标基因,有助于阐释病毒和宿主的互作关系及制定对病毒的防控策略。利用Solexa高通量测序技术及生
   物信息学方法,从柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)基因组中筛选出VmiRNA成熟体MD5,在预测其作用的宿主靶基因基础上,通过GO数据库分析靶基因
   的功能。结果显示由ApNPV的VmiRNA
   MD5调控的宿主靶基因涉及细胞组成、分子功能、生物学过程等生物学途径,主要参与细胞内的分子结合、酶催化和免疫反应,其中与柞蚕免疫相关的靶基因共有
   4个。实时荧光定量PCR检测柞蚕蛹经ApNPV诱导处理后VmiRNA
   MD5在脂肪体内明显上调表达(与对照相比提高了8倍),而与宿主免疫相关的3个靶基因的表达水平明显下调。对VmiRNA MD5
   5'端上游启动子序列结构的分析显示,其含有免疫相关转录因子GMCSF、p53等的结合位点。推测VmiRNA
   MD5可能参与调控宿主柞蚕免疫相关基因的表达。