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Date of Publication:2018-06-29

Journal:智能系统学报

Volume:13

Issue:6

Page Number:928-934

ISSN No.:1673-4785

Key Words:lncRNA;识别;特征提取;多特征融合;机器学习;互作关系;网络构建;功能预测

Abstract:针对传统的基于单一特征的植物lncRNA识别的局限性,提出了融合RNA序列的开放阅读框、二级结构以及k-mers等多特征方法,训练高斯朴素贝叶斯、支持向量机和梯度提升决策树3种经典的分类模型,并实现分类结果的集成,利用交叉验证对模型的性能进行了评估,整体性能优于目前较流行的CPAT、CNCI和PLEK预测软件,在拟南芥数据集上总体的准确率达到了89％.另外,基于内源性竞争规则以及RNA结构信息,分别对lncRNA-microRNA和microRNA-mRNA进行靶向预测、筛选,再通过整合预测数据建立互作网络,并对网络模块中的lncRNA进行功能预测.通过GO术语分析,对与mRNA相关的lncRNA可能参与的生物调控过程进行预测,推测它们的相应功能.